1985 m. Vilniuje, Justiniškių mikrorajone, įkuriama 57-oji vidurinė mokykla. Direktorė B.Ignatavičienė. Moksleivių skaičius sparčiai augo.

1989 m. mokykloje įkuriama tiksliųjų mokslų klasė. Direktorius – R.Šinkūnas.

1990 m. atidaroma humanitarinių mokslų klasė.

Moksleivių skaičiui sparčiai išaugus, 1991 m. dalis gimnazijos I-IV klasių mokinių persikėlė mokytis į 3-iąją pradžios (dabar „Vyturio“) mokyklą. Tais pačiais metais mokykloje atidaromos sustiprinto matematikos mokymo klasės. Tuometinis direktorius G.Rudzinskas. Įkuriama iniciatyvinė mokytojų grupė gimnazijos klasėms kurti.

1993-05-27 LR Kultūros ir švietimo ministerijos kolegijos nutarimu Nr. 24 Vilniaus 57-ajai vidurinei mokyklai suteikiamas gimnazijos klasių statusas. Tais pačiais metais pradinės klasės visiškai išsikelia į 9-ąją pradžios (dabar „Pelėdos“) mokyklą.

Vilniaus miesto savivaldybės tarybos 1993-08-30 potvarkiu Nr. 86 mokyklai suteikiamas Mykolo Biržiškos vardas.

1995-1997 m. mokyklai vadovavo V.Visminas.

1997-05-30 LR Švietimo ir mokslo ministerijos kolegijos nutarimu Nr. 36 mokyklai suteikiamas gimnazijos statusas. Direktorius – V. Kaupinis. Pagrindinės mokyklos darbo kryptys – pagilintas tiksliųjų, gamtos, socialinių mokslų ir šiuolaikinių kalbų mokymas gimnazijos klasėse.

2001-04-18 Vilniaus miesto tarybos sprendimu Nr. 273 Vilniaus Justiniškių vidurinės mokyklos patalpos perduotos Vilniaus Mykolo Biržiškos gimnazijai.

2001-09-01 gimnazija atsiskyrė nuo pagrindinės mokyklos, persikeldama į kitas patalpas.